原重庆市文物考古所。 2000年成立, 2006年独立。
2008年增挂“重庆文化遗产保护中心”牌子。
2011年12月,更名“重庆市文化遗产研究院”,新增信息咨询和培训职能。
2012年9月18日,重庆市文物工作会上“重庆市文化遗产研究院”正式挂牌成立。
2021年经市编委批准更名为重庆市文物考古研究院。