随着1、2号坑的发现，有大量超乎想象的文物出土，三星堆遗址的巨大谜团在社会和学术界都引发了众多争论。在社会上存在四种见解：三星堆遗址是不是外星文明？是否是世界朝圣中心？是否是外来文明？以及三星堆遗址的年代是否早于夏王朝，是否存在考古学界有意压低其年代，以便炮制夏商王朝更先进的假象。学术界内部则存在四个方面的争论：首先，三星堆遗址1、2号坑是什么性质的坑，是祭祀坑还是器物坑？第二，坑的实施者是谁？如果是祭祀坑，实施者应为三星堆人。第三，如果是器物坑，埋器物的人究竟是三星堆人，还是三星堆古蜀国被灭国后，实施者是敌对势力。第四，三星堆遗址代表的古蜀文明是否来自于域外？是否与域外其他文明发生过密切关系？

进入新世纪以后，三星堆遗址考古工作获得了不少新发现和重要成果。考古工作者分别开展了成都平原史前遗址的全面调查，对三星堆文化形成之前的古蜀文明——宝墩遗址进行了发掘，并进一步对三星堆遗址进行了全面钻探和重点发掘。通过大量的考古发掘工作，了解了成都平原先秦时期聚落分布的情况，发现了三星堆古城和青观山大型建筑基址等重要遗存。

2019年，对三星堆遗址3到8号坑的考古发掘，掀起了古蜀文化研究的新一轮高潮。这一时期考古工作的开展在方法和理念上均有开拓创新，取得了众多考古收获。一是确立了考古发掘与文物保护的同步进行，引入多学科协同作业，在技术创新与组织管理创新等方面都有新发展。二是大量运用现代科技手段，助力考古与文物保护工作大跨步发展。例如，利用现实场景立体还原技术，重现了3000多年前古蜀先民的生活基址、三星堆的祭祀等场景。三是央视推出《大立人》《面具》《神树》等系列虚拟短片。央视的直播更是让三星堆遗址走进大众视野，频频登上热搜。

根据三星堆遗址的众多考古成果，有几个关键问题需要提一提。首先，关于三星堆文化遗存的分期和三星堆文化的年代。三星堆遗址的年代距今为4400-3000年，可以分为三个文化时期，三星堆遗址一期是宝墩文化，遗址二期是三星堆文化，遗址三期是十二桥文化。其中，宝墩文化的年代距今为4400-3600年，三星堆文化的年代约为3600-3100年，十二桥文化的年代约为3100-2400年，三星堆古城属于三星堆文化；祭祀坑则是三星堆文化晚期至十二桥文化之交形成的，年代约为距今3200-3000年。三星堆祭祀坑出土的遗物年代大概在3300-3000年，相当于殷墟时代。  

其次，针对三星堆遗址1到8号坑的性质存在诸多争议，有祭祀坑说、器物坑说、仓促埋入说、毁弃埋入说等。三星堆遗址应该有一个用于祭拜的场所，1到8号坑的区域显然不是祭祀活动的第一现场。从出土的青铜人像下面中空，应是插于木柱上的，木柱应该各有各的位置。而1到8号坑虽然是后来埋放的位置，伴随埋放还有祭祀的火烧痕迹，说是祭祀坑也未尝不可。实施者究竟是谁？从器物坑摆放有序来看，如果是敌对集团应该不会如此有序埋放，因此，实施埋放的人应该是三星堆人，埋放目的有待进一步研究。

第三，三星堆遗址和金沙遗址的关系。三星堆遗址和金沙遗址在出土器物及其出土位置上是有许多相似、相联系的地方，如分布范围都在成都平原；文化内涵上都流行黄金面具；都有鱼鸟弓箭的图案；都在坑内放置大量象牙；陶器表现出传承关系。但是，金沙遗址没有发现三星堆遗址那样的大量铜人像和铜面具。因此，金沙遗址是在继承三星堆遗址的基础上吸收了其他文化的因素形成的，两个遗址年代基本上是前后衔接，此消彼长的。且在信仰方面似乎有所不同，不排除是古蜀国不同势力集团的权利更迭。

那么，以三星堆遗址和金沙遗址为代表的古蜀文明与夏商王朝有没有关系呢？三星堆文化早期应该接受了二里头文化的影响，从三星堆文化早期出土的玉璋、玉戈、多孔玉刀等大型仪仗用具，玉璧、玉琮等祭祀玉器，陶盉等陶酒器，石磐和铜铃构成的乐器等都能看出其演变痕迹。三星堆文化晚期和金沙·十二桥文化的青铜礼器、有领玉璧都能看出接受了商王朝文化的影响，表现出一定的中原文化基因，是中华文明多元一体格局形成的体现。表明在距今3700年前后，中原地区的二里头文化在同时期的各文化中逐渐居于优势地位，其文化特征向周边地区辐射，在多元一体格局中逐渐成为核心。

关于三星堆文化是否受到域外文明的影响，需要从三个条件考虑。第一，三星堆文化和域外文明同类文化因素时间上应该基本同时，不应相差数百年甚至更多；第二，距离上应该相距较接近，距离较远的话需能找到中间环节；第三，二者特性应当极为相似。三星堆遗址和夏商王朝的交流是符合这几点条件的，要论证三星堆接受了域外文明影响也应该符合这些条件，目前尚未有确切的相关证据。